智啟醫(yī)學(xué)新維度
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差異lncRNA靶基因預(yù)測(cè)
lncRNA的靶基因較為復(fù)雜,主要分為正式和反式兩種作用機(jī)制.lncRNA作用機(jī)制與miRNA類似,均可以通過調(diào)控相應(yīng)的mRNA來行使功能,所以靶基因的預(yù)測(cè)在科學(xué)研究中都顯得非常必要。
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靶基因Gene Ontology分析
我們將靶基因向gene ontology數(shù)據(jù)庫的各節(jié)點(diǎn)映射,計(jì)算每個(gè)節(jié)點(diǎn)的基因數(shù)目.
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靶基因Pathway分析
信號(hào)通路分析需要完備的注釋信息支持，通過整合KEGG、Biocarta、Reactome等多個(gè)數(shù)據(jù)庫的信息可以檢驗(yàn)來進(jìn)行Pathway的顯著性分析。
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lncRNA與調(diào)控基因的表達(dá)機(jī)制
通過整合lncRNA的信息和靶基因之間的關(guān)系,我們可以得到一個(gè)lncRNA與靶基因之間的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)圖.
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轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)預(yù)測(cè)
對(duì)于差異表達(dá)lncRNA，提取轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)上下游序列,使用預(yù)測(cè)程序?qū)ζ滢D(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)進(jìn)行預(yù)測(cè).
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基因關(guān)聯(lián)分析
現(xiàn)在市面上的lncRNA芯片均含有mRNA的表達(dá)探針,通過將lncRNA的靶基因分析結(jié)果與芯片上mRNA的表達(dá)結(jié)果做關(guān)聯(lián)分析,可以更進(jìn)一步的分析lncRNA的功能。
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信號(hào)通路調(diào)控網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建：
實(shí)驗(yàn)中基因同時(shí)參與了很多Pathway，通過構(gòu)建信號(hào)通路調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，從宏觀層面看到Pathway之間的信號(hào)傳遞關(guān)系，在多個(gè)顯著性Pathway中發(fā)現(xiàn)受實(shí)驗(yàn)影響的核心Pathway，以及實(shí)驗(yàn)影響的信號(hào)通路之間的調(diào)控機(jī)理。
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lncRNA的功能分析
根據(jù)lncRNA的功能數(shù)據(jù)庫，利用生物信息學(xué)工具，做出Function-Tar-Net圖表，從而得出lncRNA與功能的關(guān)系
