在所有生命活動中，蛋白質(zhì)之間的相互作用是必不可少的，它是促進細胞進行一切活動的基礎(chǔ)，以下分享的是蛋白質(zhì)相互作用研究方法中的其中一種方法-生物物理學方法。

1.  融合蛋白pull-down實驗

融合蛋白pull-down技術(shù)基本原理是將一種蛋白質(zhì)固定于某種基質(zhì)上（如Sepharose），當細胞抽提液經(jīng)過該基質(zhì)時，可與該固定蛋白相互作用的配體蛋白被吸附，而沒有被吸附的“雜質(zhì)”則隨洗脫液流出。

被吸附的蛋白可以通過改變洗脫液或洗脫條件而回收下來。為了更有效地利用pull-down技術(shù)，可以將待純化地蛋白以融合蛋白地形式表達，即將“誘餌”蛋白與一種易于純化地配體蛋白相融合。1988年Smith等利用谷胱甘肽－S－轉(zhuǎn)移酶（glutathione-S-transferase ，GST）融合標簽從**中一步純化出GST融合蛋白。從此GST融合蛋白在蛋白質(zhì)相互作用研究領(lǐng)域里得到了的推廣。

GST融合蛋白在經(jīng)過固定有GST（glutathione）的色譜柱時，就可以通過GST與GSH的相互作用而被吸附。當再有細胞抽提物過柱，就可以得到能夠與“誘餌”蛋白相互作用的興趣蛋白。一般來說，GST融合蛋白pull-down方法用于兩個方面：一是鑒定能與已知融合蛋白相互作用的未知蛋白質(zhì)；二是鑒定兩個已知蛋白質(zhì)之間是否存在相互作用。

該方法比較簡便，避免了使用同位素等危險物質(zhì)，在蛋白質(zhì)相互作用研究中有很廣泛的應(yīng)用。類似的融合蛋白很多，如與葡萄球菌蛋白A融合的“誘餌”蛋白可以通過固定有IgG的色譜柱進行純化；與寡聚組氨酸肽段融合的“誘餌”蛋白可以通過結(jié)合Ni2+的色譜柱進行純化；與二氫葉酸還原酶融合的“誘餌”蛋白可以通過固定有氨甲喋呤的色譜柱進行純化等等。

2.  親和印跡

親和印跡是將聚丙烯酰胺凝膠電泳分離后的蛋白樣品轉(zhuǎn)移到硝酸纖維素膜上，然后檢測哪種蛋白能與標記了的“誘餌”蛋白發(fā)生作用。此方法所要考慮的是如何保持膜上蛋白的生物活性，如何得到純化的“誘餌”蛋白等。

3.  免疫共沉淀

如果在非變性的條件下裂解細胞，蛋白質(zhì)之間的相互作用還可以保持，所以就可利用免疫共沉淀方法找出相互作用的蛋白質(zhì)。這其中的例子包括Harlow等。

利用抗體沉淀腺病毒的EIA蛋白時發(fā)現(xiàn)了真核細胞中有與EIA蛋白特異結(jié)合的蛋白質(zhì)；McMahon等利用該方法確定了轉(zhuǎn)錄結(jié)構(gòu)域相關(guān)蛋白質(zhì)可以與E2F1和c-Myc轉(zhuǎn)錄因子相互作用的蛋白質(zhì)。

免疫共沉淀既可以用于檢驗已知的兩個蛋白質(zhì)在體內(nèi)的相互作用，也可以找出未知的蛋白質(zhì)相互作用，不管是兩者的哪個，其原則都是一樣的，都需要用特異性的抗體與其中的一種蛋白質(zhì)結(jié)合，之后通過蛋白質(zhì)A或蛋白質(zhì)G-瓊脂糖微珠將復合物沉淀下來，然后用SDS-PAGE鑒定。

免疫共沉淀中設(shè)置正確的對照非常重要，因為該方法可能出現(xiàn)假陽性的概率比較高，設(shè)置的對照包括：在對照組中使用對照抗體，以缺失目的蛋白的細胞系作為陰性對照等等。

4.  熒光共振能量轉(zhuǎn)移技術(shù)

熒光共振能量轉(zhuǎn)移技術(shù)的原理是：處于激活狀態(tài)的供體，可以將其本身的熒光傳遞到與之十分鄰近（通常在10 nm 之內(nèi)）的受體上。因此，如果用遺傳突變的綠色熒光蛋白（GFP）或是合成的熒光染料標記蛋白質(zhì)，則可以通過熒光體之間的能量傳遞來確定兩蛋白質(zhì)的相互作用。

這種方法較之上述的方法有兩個優(yōu)點：

（1）蛋白質(zhì)之間的相互作用是發(fā)生在完整細胞里，比較完整地反映了蛋白質(zhì)在生理狀態(tài)的活動。

（2）利用這種方法，可以觀察到蛋白質(zhì)在細胞內(nèi)的定位。

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