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染色質(zhì)免疫共沉淀（ChIP）在染色質(zhì)處理中有哪些方法？
染色質(zhì)免疫共沉淀（ChIP）在染色質(zhì)處理中有哪些方法？
染色質(zhì)免疫共沉淀(ChIP)作為研究DNA與蛋白質(zhì)之間相互作用的方法。它不僅可以檢測(cè)出體內(nèi)DNA與反式因子的動(dòng)態(tài)作用，而且還可以被用于研究蛋白質(zhì)的各種修飾作用。
它的實(shí)驗(yàn)步驟并不復(fù)雜，順序依次為細(xì)胞破裂、DNA與蛋白質(zhì)交聯(lián)、染色質(zhì)處理、用特異性抗體結(jié)合目的DNA或蛋白質(zhì)沉淀、洗脫、DNA回收、后是用PCR或芯片分析目的DNA。在這些過(guò)程中，染色質(zhì)處理是一個(gè)重要的環(huán)節(jié)。很多人都知道這個(gè)過(guò)程中一般使用超聲法處理。但是它還有另一種方法，那就是酶切試劑盒處理，但這個(gè)方法鮮為人知?，F(xiàn)在，讓我們一起來(lái)探索這些方法的優(yōu)缺點(diǎn)。
超聲波法：
用這種方法處理染色質(zhì)是需要用到超聲波破碎儀。這個(gè)方法的顯著優(yōu)點(diǎn)是有效快速，這也是許多人喜歡這種方法的原因，一般我們都會(huì)為這種方法選擇合適的試劑盒一起。一般推薦使用ChIP-IT Express。
但是這個(gè)方**受到細(xì)胞類(lèi)型的限制，并且溫度不易控制以及容易形成泡沫，從而導(dǎo)致蛋白質(zhì)變性，影響ChIP的結(jié)果。而且這個(gè)方法處理?xiàng)l件非?？量蹋瑫?huì)讓DNA以及DNA與蛋白質(zhì)結(jié)合受到損傷，從而影響ChIP的效率。還有這個(gè)方法的實(shí)驗(yàn)重復(fù)性難以掌握并且需要儀器，花費(fèi)可能比較大。作為初學(xué)者，并不建議用此方法。
酶切試劑盒處理法：
這個(gè)方法如其名，就是用酶來(lái)處理染色質(zhì)。這個(gè)方法的好處有如下幾點(diǎn)：
1、效果好：它可以讓絕大多數(shù)的DNA片段達(dá)到1到幾個(gè)核小體，相對(duì)于超聲法來(lái)說(shuō)，它處理染色質(zhì)更精致，并且更均一。
2、處理?xiàng)l件溫和，對(duì)DNA以及DNA與蛋白質(zhì)之間的結(jié)合損傷性小，并且蛋白質(zhì)不容易變性，而且ChIP效果也會(huì)更高。
3、它還有一個(gè)重要的優(yōu)點(diǎn)就是可以進(jìn)行非交聯(lián)的ChIP。
4、這個(gè)過(guò)程不需要超聲波破碎儀。
抗體包埋吸附法：
其實(shí)，除了以上兩種方法，還有另外一種方法對(duì)于初學(xué)者來(lái)說(shuō)，就更容易掌握了。那就是抗體包埋吸附法。主要優(yōu)點(diǎn)如下：
1、操作簡(jiǎn)捷、方便、整個(gè)處理過(guò)程不到5小時(shí)；
2、提供chip所需的所有試劑；
3、在96孔板上操作，適用高通量分析。
5、適用于新鮮組織和冰凍樣本。
